目前临床上对于巧克力囊肿的治疗方案的选择，需要根据患者的年龄、囊肿的大小、患者存在的临床表现和患者主要的致病原因综合的来进行考虑的。如果对于有生育要求的女性巧克力囊肿不大，仅仅表现为单纯的巧克力囊肿腹腔内没有明显的病灶，可以使用药物来缓解痛经的症状，这种情况下可以采取保守治疗，让患者尽早的怀孕解决生育要求。因为怀孕后对于子宫内膜异位症也是一种治疗，而对于年龄偏大已经有孩子的女性囊肿已经侵犯了身体的其他部位，而且症状比较重时需要进行根治性的手术，必要时也可以进行子宫以及双侧卵巢的切除。对于单发的巧克力囊肿，囊肿直径大于五厘米也可以进行腹腔镜下的囊肿剥除术，术后可以给予GNRHA药物治疗。

卵巢巧克力囊肿是没有潜伏期的，卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种特殊类型，它是具有生长功能的子宫内膜腺体或者间质侵入卵巢组织所引起的卵巢巧克力囊肿，这种囊肿在早期时，由于囊肿位于盆腔的深部，所以症状并不是很明显。当发现时往往超声检查时会被发现，此时已出现病灶，最主要的临床表现为小腹部疼痛，有肿块，白带颜色黄，异味，月经失常，性交痛，严重者会影响卵巢的内分泌功能，从而导致月经不调。如果移位的内膜组织侵入到了肠胃，甚至会引起腹泻，胃肠疼痛。

卵巢巧克力囊肿的患者在临床上，由于囊肿较小有一部分女性是没有任何症状的，仅仅是通过妇科彩超来发现盆腔的肿块，有经验的医生通过超声就能判断出巧克力囊肿。有一部分人会出现月经前的腹痛，甚至经期的腹痛，这种疼痛的程度有轻有重，轻者仅类似正常的痛经，下腹部坠胀不适，严重者甚至可以影响工作生活，甚至出现恶心呕吐的情况；还有一部分患者随着卵巢囊肿的增大，有可能会影响女性的月经，造成月经的提前，经期的延长等等，一部分女性会影响女性的怀孕功能，限制导致不孕症的发生。

巧克力囊肿是属于最常见的子宫内膜异位症，不但会引起进行性加重的痛经表现，还可能因为囊肿过大，而出现卵巢囊肿的破裂或者扭转，甚至会影响女性的生育功能，导致女性不能正常怀孕。所以对于检查发现有卵巢巧克力囊肿的女性，一般当巧克力囊肿超过5厘米以上，就需要考虑行手术进行治疗，在囊肿没有破裂的情况下，可以行腹腔镜微创手术，因为这类手术切口比较小，术后恢复又比较快。但对于已经出现囊肿破裂或者扭转的女性，就可能需要行开腹手术进行切除。术后还需要肌注亮丙瑞林，或者曲谱瑞林来继续治疗，其目的就是为了预防巧克力囊肿的再次复发。因为在手术的过程中，可能没办法将异位的子宫内膜组织完全清除干净，所以最好进行继续药物治疗。

巧克力囊肿治疗方法有手术治疗、药物治疗、放置宫内节育器等，主要是根据患者的年龄、生育要求的综合评估。1、对无生育要求，年龄45岁左右、症状重、病灶累及重要脏器或多种治疗无效者，建议行全子宫双附件切除术根治。双侧卵巢切除后，没有激素的支持，异位的病灶会萎缩退化消失。2、对于年轻要求生育的患者和不孕症患者经全面检查排除其不孕因素，首先应该尽早在腹腔镜下明确诊断，分离盆腔粘连，去除肉眼可见的病灶，恢复正常的解剖结构。保留子宫和卵巢。手术可以明确诊断，排除恶性肿瘤，缓解疼痛，改善生活质量，能显着提高轻度内异症的自然妊娠率。然后药物抑制内异症的残余病灶，改善盆腔的免疫环境，抑制雌激素水平。最后，建议中重度患者尽早积极采用辅助生殖技术助孕。不应长期期待或药物治疗。3、对无生育要求较年轻的患者可以选择腹腔镜手术去除病灶，保留卵巢和子宫，宫内放置曼月乐的方法，曼月乐是一种含有孕激素的宫内节育器，即可以避孕，又可以缓解痛经和月经过多的症状，预防内异症复发。如果没有口服避孕药禁忌症的患者也可以长期服用避孕药。