肠系膜淋巴结结核患儿应严格进行抗结核治疗。临床儿童常用异烟肼、利福平等药物进行治疗，疗程应保证至少6-9个月。在治疗过程中，儿童应尽可能继续服药，以保证足够的疗程，避免间歇性用药或过早停药，从而避免儿童肠系膜淋巴结结核的反复发作。同时还应定期对肝肾功能进行监测，一旦出现肝肾功能受损，应立即用对肝肾功能损伤较小的抗结核药物进行治疗。